Der Schulbetrieb finanziert sich durch Elternbeiträge, durch Mittel des Schulfördervereins, durch Zuschüsse der öffentlichen Hand (Sachkosten, Personalkosten) sowie durch Drittmittel von Stiftungen, Sponsoren und Privatpersonen (Spenden, Zuwendungen). Da die erst ab dem 4. Schuljahr gewährte Finanzhilfe des Landes Mecklenburg-Vorpommern anteilig bemessen ist und nur etwa 85 Prozent des Schulhaushalts abdeckt, muss die Kleine Dorfschule – wie jede Schule in freier Trägerschaft – ein Schulgeld erheben.

Der Elternbeitrag für einen Schulplatz an der Kleinen Dorfschule liegt bei durchschnittlich 100 Euro, wobei der genauen Beitragsberechnung eine soziale Staffelung zugrunde liegt. Es gehört zum Selbstverständnis der Kleinen Dorfschule, dass junge Menschen hier unabhängig von den Besitzverhältnissen der Eltern aufgenommen werden können. Ein Beitragsfonds soll sozial benachteiligte Eltern entlasten und Kindern aus allen gesellschaftlichen Schichten den Schulbesuch ermöglichen.